دیوان محاسبات کشور با بهره مندی از ساختار منحصر بفرد پس از اعمال حسابرسی توسط هیات های حسابرسی، در صورت وقوع تخلف راساً به کشف، تعقیب و صدور رأی و اجرای آن توسط دادسرا و هیات های مستشاری اقدام می نماید.

بر این اساس، دیوان محاسبات دارای حداقل سه و حداکثر هفت هیات مستشاری است. هر هیات سه نفر عضو دارد و یکی از آنها رئیس هیات می باشد. انتخاب هیات های مستشاری از اختیارات رئیس کل است که به پیشنهاد ایشان و با رأی اعضای کمیسیون برنامه، بودجه و محاسبات مجلس شورای اسلامی انتخاب می شوند.

تائید و یا صدور رأی نسبت به گزارش های حسابرسان موضوع بند(ط) ماده (23) قانون دیوان محاسبات کشور جزو وظایف ذاتی و خلل ناپذیر هیات های مستشاری است. جلسات این هیات ها با حضور سه نفر رسمیت دارد و آراء صادره با رأی اکثریت معتبر است.

در حال حاضر، دیوان محاسبات کشور دارای چهار هیات مستشاری است و در صورت ضرورت، رئیس کل سازمان تعداد هیات های مستشاری را افزایش می دهد.